prikaz prve stranice dokumenta Analysis of DNA methyltransferase DNMT1 structure and function and development of noncovalent inhibitors using computational methods
  Preuzmi
PDF 2.8 MB
diplomski rad
Analysis of DNA methyltransferase DNMT1 structure and function and development of noncovalent inhibitors using computational methods
2023. urn:nbn:hr:193:785350
Morović, Viktor
Sveučilište u Rijeci
Fakultet biotehnologije i razvoja lijekova

Citirajte ovaj rad

Morović, V. (2023). Analysis of DNA methyltransferase DNMT1 structure and function and development of noncovalent inhibitors using computational methods (Diplomski rad). Rijeka: Sveučilište u Rijeci. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:785350

Morović, Viktor. "Analysis of DNA methyltransferase DNMT1 structure and function and development of noncovalent inhibitors using computational methods." Diplomski rad, Sveučilište u Rijeci, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:785350

Morović, Viktor. "Analysis of DNA methyltransferase DNMT1 structure and function and development of noncovalent inhibitors using computational methods." Diplomski rad, Sveučilište u Rijeci, 2023. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:785350

Morović, V. (2023). 'Analysis of DNA methyltransferase DNMT1 structure and function and development of noncovalent inhibitors using computational methods', Diplomski rad, Sveučilište u Rijeci, citirano: 26.04.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:785350

Morović V. Analysis of DNA methyltransferase DNMT1 structure and function and development of noncovalent inhibitors using computational methods [Diplomski rad]. Rijeka: Sveučilište u Rijeci; 2023 [pristupljeno 26.04.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:785350

V. Morović, "Analysis of DNA methyltransferase DNMT1 structure and function and development of noncovalent inhibitors using computational methods", Diplomski rad, Sveučilište u Rijeci, Rijeka, 2023. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:785350

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:785350
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovAnalysis of DNA methyltransferase DNMT1 structure and function and development of noncovalent inhibitors using computational methods
Naslov (hrvatski)Analiza strukture i funkcije DNA metiltransferaze DNMT1 i razvoj nekovalentnih inhibitora koristeći računalne metode
AutorViktor Morović
MentorŽeljko Svedružić (mentor)
MentorJurica Novak (komentor)
Član povjerenstvaJurica Novak (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaRozi Andretić Waldowski (član povjerenstva)
Član povjerenstvaNela Malatesti (član povjerenstva)
Član povjerenstvaKatarina Kapuralin (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Rijeci
(Fakultet biotehnologije i razvoja lijekova)
Rijeka
Datum i država obrane2023-07-14, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Biotehnologija
Sažetak
DNA methyltransferase 1 (DNMT1) is an enzyme that plays an essential role in epigenetic regulation of mammalian genetic expression. Dysregulation of methylation processes can lead to various pathological conditions, which in recent years ,lead to extensive study of structure and function of DNMT1. DNMT1 has multiple forms dependant of the stage of DNA methylation, which posses limitations in both discovery and modification of new drugs. With use of in silico methods we sought to identify drug like compounds capable of binding to, and inhibiting the function of DNMT1. Analysis of molecular dynamics (MD) simulations showed stronger binding of SAH to all three DNMT1 proteins (4WXX, 3PTA and 4DA4), compared to tested compounds. Two compounds moved from the SAH binding site during initial simulations, for which they were excluded from further research. Tested compounds adhere to the Lipinski rule but lack the formation of hydrogen bonds with DNMT1, compared to SAH. Future research should use the potential of π- π stacking interaction with residues inside SAH binding pocket.
Sažetak (hrvatski)
DNA metiltransferaza 1 (DNMT1) je enzim koji ima ključnu ulogu u epigenetskoj regulaciji genske ekspresije kod sisavaca. Disregulacija procesa metilacije može dovesti do raznih patoloških stanja, što je posljednjih godina dovelo do opsežnog proučavanja strukture I funkcije DNMT1. DNMT1 postoji u više oblika ovisno o stupnju metilacije DNA, što ograničava mogućnost u otkrivanju i modifikaciji novih lijekova. Korištenjem in silico metoda nastojali smo identificirati spojeve slične lijekovima koji se mogu vezati I inhibirati funkciju DNMT1. Analiza simulacija molekularne dinamike (MD pokazale su jače vezanje SAH na sva tri proteina DNMT1 (4WXX, 3PTA i 4DA4), u usporedbi s testiranim spojevima. Dva spoja pomaknula su se s veznog mjesta SAH tijekom početnih simulacija, zbog čega su isključena iz daljnjeg istraživanja. Ispitani spojevi pridržavaju se Lipinskog pravila, ali stvaraju manje vodikovih veza s DNMT1, u usporedbi sa SAH. Buduća bi istraživanja trebala iskoristiti potencijal π-π interakcija s aminokiselinskim ostacima unutar SAH veznog džepa.
Ključne riječi
Ključne riječi (hrvatski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:193:785350
Studijski programNaziv: Medicinska kemija
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra medicinske kemije (mag. med. chem.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2023-10-11 12:38:34