prikaz prve stranice dokumenta Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding
Pristup korisnicima matične ustanove
završni rad
Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding
2019. urn:nbn:hr:193:043134
Koren, Rajna
Sveučilište u Rijeci
Fakultet biotehnologije i razvoja lijekova

Citirajte ovaj rad

Koren, R. (2019). Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding (Završni rad). Rijeka: Sveučilište u Rijeci. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134

Koren, Rajna. "Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding." Završni rad, Sveučilište u Rijeci, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134

Koren, Rajna. "Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding." Završni rad, Sveučilište u Rijeci, 2019. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134

Koren, R. (2019). 'Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding', Završni rad, Sveučilište u Rijeci, citirano: 29.10.2024., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134

Koren R. Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding [Završni rad]. Rijeka: Sveučilište u Rijeci; 2019 [pristupljeno 29.10.2024.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134

R. Koren, "Molecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding", Završni rad, Sveučilište u Rijeci, Rijeka, 2019. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:043134
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovMolecular dynamics studies of DNA-DNA methyltransferase 1 complex structural changes during binding
Naslov (hrvatski)Analiza strukturnih promjena DNA-DNA metiltransferaza 1 kompleksa tijekom vezivanja pomoću molekularne dinamike
AutorRajna Koren
MentorŽeljko Svedružić (mentor)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Rijeci
(Fakultet biotehnologije i razvoja lijekova)
Rijeka
Datum i država obrane2019-09-23, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Biotehnologija
Sažetak
Background: DNA methylation is the first and most enduring epigenetic mark, that acts as a fundamental mechanism in functional organization of human genome. Inhibitors and activators of DNA methylation can be used for genetic reprogramming of differentiated cells, or as tools for gene expression analysis. DNA substrates with guanine replaced by inosine at the target site showed an amazing 30 fold activation in methylation activity. Activation of mammalian DNA methyltransferase (Dnmt1) by inosine at the target base site was explored at the enzyme structure level in attempt to design activators of DNA methylation as novel drug-candidates. Results: Coarse grained molecular dynamics simulations showed that mouse DNA methyltransferase forms unusual guanine-guanine base pair that can stabilize the catalytic complex. The stabilizing complex breaks down when the guanine at the target site is replaced by inosine. Principal component analysis with Bio3D application showed that the stability of the active site structure can affect Zn-finger rich domain that is distant from the active site. Conclusion: Structural changes in Dnmt1-DNA complex showed that Zn-finger rich domains participate in stabilization of enzyme-DNA complex. The Zn-finger rich domain will be targeted in the future in silico drug design protocols in an attempt to design novel activators of DNA methylation in human cells.
Sažetak (hrvatski)
Pozadina: DNA metilacija je prvi i najtrajniji epigenetički biljeg koji služi kao temeljni organizacijski mehanizam za ljudski genom. Inhibitori i aktivatori DNA metilacije mogu se koristiti za gensko reprogramiranje diferenciranih stanica ili kao alat za analizu genske ekspresije. Zamjena DNA supstrata s gvaninom, s DNA supstratom koji sadrži inozin na ciljnom mjestu pokazao je 30 puta veću aktivnost metilacije. Aktivacija DNA metiltransferaze 1 (Dnmt1) sisavaca od strane inozina na ciljnom mjestu istražena je na razini strukture enzima kako bi se potencijalno dizajnirali aktivatori DNA metilacije kao kandidati za nove lijekove. Rezultati: Simulacije molekularne dinamike koje koriste grubi model molekula pokazale su da mišja DNA metiltransfraza formira neobične gvanin-gvanin bazne parove koji mogu stabilizirati katalitički kompleks. Taj stabilizirajući kompleks se raspadne kada je gvanin zamjenjen s inozinom na ciljnom mjestu. Bio3D analiza komponenata pokazala je da stabilnost strukture aktivnog mjesta može utjecati na domenu bogatu “Zn-prst“ strukturama koja je udaljena od aktivnog mjesta. Zaključak: Strukturne promjene u DNA-Dnmt1 kompleksu pokazale su da domene bogate “Zn-prst“ strukturama sudjeluju u stabilizaciji enzim-DNA kompleksa. Domene bogate “Zn-prst“ strukturama predstavljaju potencijalne mete za buduće in silico protokole dizajna lijekova kako bi se dizajnirali novi aktivatori DNA metilacije u ljudskim stanicama.
Ključne riječi
Ključne riječi (hrvatski)
Jezikengleski
URN:NBNurn:nbn:hr:193:043134
Studijski programNaziv: Biotehnologija i istraživanje lijekova
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: preddiplomski
Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica biotehnologije i istraživanja lijekova (univ. bacc. biotechn. et pharm. inv.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaPristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2019-11-05 11:35:04