Jurica Novak, Odjel za biotehnologiju, Sveučilište u Rijeci

Ova readme.txt datoteka je generirana 20240118 od strane Jurice Novaka

GENERALNE INFORMACIJE

1. Naslov skupa podataka: Computational and experimental therapeutic efficacy analysis of andrographolide phospholipid complex self-assembled nanoparticles against Neuro2a cells 

2. Naslov istraživačkog projekta: -

2. Informacije o autoru:
	A. Kontakt podaci glavnog istraživača
		Ime: Jurica Novak
		Institucija: Odjel za biotehnologiju, Sveučilište u Rijeci
		Adresa: Ul. Radmile Matejčić 2, 51000, Rijeka
		E-mail: jurica.novak@biotech.uniri.hr

3. Datumi <predloženi format GGGGMMDD>:
	A. Datum prikupljanja podataka: 2022-2023
	B. Datum početka i završtetka istraživanja: 2022-2023
	C. Vremensko razdoblje obuhvaćeno podacima: 2022-2023

4. Geografski položaj prikupljanja podataka: Hrvatska

5. Informacije o izvorima financiranja koji su podržali prikupljanje podataka:



SADRŽAJNE INFORMACIJE

1. Opis podataka: Gaussian-accelerated MD simulacije andrografolida i soja-L-α-fosfatidil kolina, MD simulacije andrografolida i soja-L-α-fosfatidil kolina u aktivnom mjestu tumor necrosis factor alpha (TNF-α, PDB ID: 2AZ5), the caspase-3 (PDB ID: 3EDQ) and B-cell lymphoma 2 (Bcl-2,PDB ID: 6UVE) proteina.

2. Ključne riječi:  andrographolide; neuroblastoma; complexation; molecular simulation; self-assembled nanoparticles; molecular dynamics

3. Rječnik istraživačkih podatakav<bilježi i objašnjava varijable, mjerne jedinice, raspon vrijednosti i dopuštene vrijednosti, vrijednosti koje nedostaju, metode, skale, formate datoteka, bilješke>:



INFORMACIJE O PRISTUPU I DIJELJENJU

1. Licence/ograničenja postavljena na istraživačke podatke: otvoren pristup

2. Veza na publikaciju/e koja navodi ili koristi istraživačke podatke:
rad je objavljen u Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects Volume 1867, Issue 2, 2023, 130283, ISSN 0304-4165, https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2022.130283 pod naslovom 'Computational and experimental therapeutic efficacy analysis of andrographolide phospholipid complex self-assembled nanoparticles against Neuro2a cells'

3. Veze na javno dostupne lokacije istraživačke podataka:

4. Veze na pomoćne skupove podataka:

5. Jesu li podaci izvedeni iz drugog izvora? ne

6. Citiranje istraživačkih podataka <navesti primjer citiranja>:

7. Format/i istraživačkih podataka:
mdcrd - Amber trajectory output file
prmtop - Amber parameter file


PREGLED PODATAKA I DATOTEKA ISTRAŽIVAČKOG PROJEKTA

1. Popis mapa: ANDROGRAPHOLIDE - MD trajectory for andrographolide:2AZ5 complex
				 MD trajectory for andrographolide:3EDQ complex
				 MD trajectory for andrographolide:6UVE complex
				 Gaussian accelerated MD trajectory for andrographolide

2. Popis datoteka <navesti sve datoteke vezane uz skup podataka, s kratkim opisom>:

3. Odnos između datoteka:

4. Dodatni povezani podaci:

5. Konvencija imenovanja datoteka istraživačkih podataka <primjerice <akronim projekta><metoda><mjesto><verzija ili datum>.<ekstenzija>:

6. Postoji li više verzija skupa podataka?  ne
	A. Ako je odgovor da, naziv datoteke koja je ažurirana:
		i. Zašto je datoteka ažurirana?
		ii. Kada je datoteka ažurirana?
		iii. Tko je napravio ažuriranje?


INFORMACIJE O PRIKUPLJANJU I OBRADI PODATAKA

1. Opis metoda korištenih za prikupljanje/generiranje podataka: Rezultati su dobiveni pomoću paketa za molekulsku dinamiku Amber 16.

2. Metode obrade podataka:

3. Informacije specifične za instrument ili softver za interpretaciju podataka: Amber 16

4. Postupci anonimizacije podataka:

5. Postupci osiguranja kvalitete izvršeni na podacima:

6. Osobe uključene u prikupljanje, obradu i analizu uzoraka: Jurica Novak



SPECIFIČNI PODACI ZA <NAZIV DATOTEKE I/ILI MAPE>
<ponovite ovaj odjeljak za svaki skup podataka, datoteku ili mapu, prema potrebi>

1. Broj varijabli:

2. Broj slučajeva/redaka:

3. Popis varijabli <popiši imena varijabli, opis(e), jedinice(a) i oznake vrijednosti>:

4. Podaci koji nedostaju:

5. Specijalizirani formati koje se koriste: