Naslov Analiza PI3P-vežućih proteina s FYVE domenom u transkriptomu i proteomu trombocita
Naslov (engleski) Analysis of PI3P-binding proteins with FYVE domain in platelet transcriptome and proteome
Autor Laura Barešić
Mentor Antonija Jurak Begonja (mentor)
Član povjerenstva Željka Minić (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstva Jurica Novak (član povjerenstva)
Član povjerenstva Antonija Jurak Begonja (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila akademski / stručni stupanj Sveučilište u Rijeci (Fakultet biotehnologije i razvoja lijekova) Rijeka
Datum i država obrane 2022-09-23, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko područje, polje i grana BIOTEHNIČKE ZNANOSTI Biotehnologija
Sažetak Stanje uravnoteženog proteoma – proteostaza, ključno je za sve fiziološke procese u organizmu, te je razina pojedinih proteina određena brzinom njihove sinteze, kao i razgradnje te dostupnosti i razine transkripata. Jedna od važnih obitelji fosfolipida u staničnim membranama koji stupaju u interakciju s proteinima je obitelj fosfoinozitida. Svaki odjeljak membrane sadrži neke od karakterističnih fosfoinozitida (ukupno 7 različitih): fosfatidilinozitol-3-monofosfat (PI3P), fosfatidilinozitol-4-monofosfat (PI4P), fosfatidilinozitol-5-monofosfat (PI5P), fosfatidilinozitol-3,4-difosfat [PI(3,4)P2], fosfatidilinozitol-3,5-difosfat [PI(3,5)P2], fosfatidilinozitol-4,5-difosfat [PI(4,5)P2] i fosfatidilinozitol-3,4,5-trifosfat [PI(3,4,5)P3]. PI3P čini otprilike 15% ukupnih fosfoinozitida u ljudskim stanicama, shodno tome, ovdje se daje detaljna analiza funkcije PI3P, specifične FYVE domene koju veže te proteine koji sadrže FYVE domenu. Osim FYVE domene, PI3P veže i Phox te plekstrin homolognu domenu.
U ovom radu analizirani su dostupni podaci transkriptoma i proteoma ljudskih i mišjih trombocita na prisustvo proteina s FYVE domenom te je napravljena usporedba između trombocita ovih dviju vrsta. Korištenjem dostupnih baza DepMap i Međunarodnog konzorcija za fenotipizaciju miševa analizirana je uspješnost stvaranja staničnih linija s delecijom za proteine s FYVE domenom koji su visoko eksprimirani u ljudskom i mišjem proteomu kao i posljedice nedostatka odabranih gena u miševa na njihovu letalnost, i/ili hematološki fenotip. Nadalje, dan je pregled mehanizma kojim PI3P regulira nastanak i funkciju trombocita, ali i općenito kako disfunkcija stvaranja PI3P utječe na različite procese u stanici ili u organizmu.
Sažetak (engleski) The state of a balanced proteome - proteostasis, is crucial for all physiological processes in the organism, the level of individual proteins is determined by the speed of their synthesis, as well as their degradation and availability and transcript levels. One of the important families of phospholipids in cell membranes that interact with proteins is the phosphoinositide family. Each compartment of the membrane contains some of the more characteristic types of phosphoinositides (total of 7 different ones), of which there are 7: phosphatidylinositol-3-monophosphate (PI3P), phosphatidylinositol-4-monophosphate (PI4P), phosphatidylinositol-5-monophosphate (PI5P), phosphatidylinositol-3,4-diphosphate [PI(3, 4)P2], phosphatidylinositol-3,5-diphosphate [PI(3,5)P2], phosphatidylinositol-4,5-diphosphate [PI(4,5)P2] and phosphatidylinositol-3,4,5-triphosphate [PI (3,4,5)P3]. PI3P accounts for approximately 15% of the total phosphoinositides in human cells, accordingly, a detailed analysis of PI3P function as well as the specific FYVE domain that it binds and FYVE domain-containing proteins is provided here. In addition to the FYVE domain, PI3P was found to bind Phox and pleckstrin homologous domains.
In this paper, the available transcriptome and proteome data of human and mouse platelets were analyzed for the presence of proteins with the FYVE domain, and a comparison was made between the platelets of these two species. Using the available databases of DepMap and the International Mouse Phenotyping Consortium, the success of creating cell lines with deletions for proteins with the FYVE domain that are highly expressed in the human and mouse proteome was analyzed, as well as the consequences of the lack of selected genes in mice on their lethality and/or hematological phenotype. Furthermore, an overview is given of the mechanism by which PI3P regulates the formation and function of platelets, but also in general how the dysfunction of PI3P formation affects various processes in the cell or in the organism.
Ključne riječi
PI3P-vežući proteini s FYVE domenom
transkriptom
proteom
trombociti
megakariociti
Ključne riječi (engleski)
PI3P-binding proteins with FYVE domain
transcriptome
proteome
platelets
megakaryocytes
Jezik hrvatski
URN:NBN urn:nbn:hr:193:382798
Studijski program Naziv: Biotehnologija i istraživanje lijekova Vrsta studija: sveučilišni Stupanj studija: preddiplomski Akademski / stručni naziv: sveučilišni/a prvostupnik/prvostupnica biotehnologije i istraživanja lijekova (univ. bacc. biotechn. et pharm. inv.)
Vrsta resursa Tekst
Način izrade datoteke Izvorno digitalna
Prava pristupa Pristup korisnicima matične ustanove
Uvjeti korištenja
Datum i vrijeme pohrane 2022-09-22 12:52:18