Jurica Novak, Odjel za biotehnologiju, Sveučilište u Rijeci

Ova readme.txt datoteka je generirana 20221114 od strane Jurice Novaka

GENERALNE INFORMACIJE

1. Naslov skupa podataka: Molekulsko dinamičke simulacije retinala u otopini

2. Naslov istraživačkog projekta: Svjetlo na molekulama: istraživanje spregnute elektronske i nuklearne dinamike (LightMol)

2. Informacije o autoru:
	A. Kontakt podaci glavnog istraživača
		Ime: Jurica Novak
		Institucija: Odjel za biotehnologiju, Sveučilište u Rijeci
		Adresa: Ul. Radmile Matejčić 2, 51000, Rijeka
		E-mail: jurica.novak@biotech.uniri.hr

	B. Kontakt podaci suradnika ili suistraživača
		Ime: Nađa Došlić
		Institucija: Institut Ruđer Bošković
		Adresa: Bijenička cesta 54, 10000, Zagreb
		E-mail: ndoslic@irb.hr

3. Datumi <predloženi format GGGGMMDD>:
	A. Datum prikupljanja podataka: 2011-2020
	B. Datum početka i završtetka istraživanja: 2011-2020
	C. Vremensko razdoblje obuhvaćeno podacima: 2011-2020

4. Geografski položaj prikupljanja podataka: Hrvatska

5. Informacije o izvorima financiranja koji su podržali prikupljanje podataka: HRZZ (projekt: IP-2016-06-1142)



SADRŽAJNE INFORMACIJE

1. Opis podataka: Geometrije retinala, derivata retinala, i pretpostavljenih kompleksa s trifluoroctenom kiselinom u raznim otapalima optimizirane pomoću kvantnokemijskog paketa Turbomole. Neadijabatska dinamika 'u letu' retinala. Simulacije IR spektara.

2. Ključne riječi:  retinal; trifluoroacetic acid; hydrogen bond; charge transfer; photoisomerization;  non-adiabatic molecular dynamics; n-butylretinal; infrared spectroscopy;  DFT; anharmonic frequency

3. Rječnik istraživačkih podatakav<bilježi i objašnjava varijable, mjerne jedinice, raspon vrijednosti i dopuštene vrijednosti, vrijednosti koje nedostaju, metode, skale, formate datoteka, bilješke>:



INFORMACIJE O PRISTUPU I DIJELJENJU

1. Licence/ograničenja postavljena na istraživačke podatke:

2. Veza na publikaciju/e koja navodi ili koristi istraživačke podatke:
https://hrcak.srce.hr/file/107220
https://hrcak.srce.hr/256594
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2017/CP/C7CP03293E

3. Veze na javno dostupne lokacije istraživačke podataka:

4. Veze na pomoćne skupove podataka:

5. Jesu li podaci izvedeni iz drugog izvora? ne

6. Citiranje istraživačkih podataka <navesti primjer citiranja>:

7. Format/i istraživačkih podataka:



PREGLED PODATAKA I DATOTEKA ISTRAŽIVAČKOG PROJEKTA

1. Popis mapa: GS  (podaci koji uključuju optimizacije geometrija u osnovnom elektronskom stanju, MD simulacije retinala i kompleksa retinala i trifluoroctene kiseline u raznim otapalima, te račun plohe potencijalne energije za kompleks retinala s jednomi s dvije molekule trifluoroctene kiseline)
               QMMM   (neadijabatske simulacije retinala i trifluoroctene kiseline - razna otapala, razni omjer retinal : trifluoroctena kiselina, plus računi molekulskih orbitala u odabranim točkama trajektorije)

2. Popis datoteka <navesti sve datoteke vezane uz skup podataka, s kratkim opisom>:

3. Odnos između datoteka:

4. Dodatni povezani podaci:

5. Konvencija imenovanja datoteka istraživačkih podataka <primjerice <akronim projekta><metoda><mjesto><verzija ili datum>.<ekstenzija>:

6. Postoji li više verzija skupa podataka?  ne
	A. Ako je odgovor da, naziv datoteke koja je ažurirana:
		i. Zašto je datoteka ažurirana?
		ii. Kada je datoteka ažurirana?
		iii. Tko je napravio ažuriranje?


INFORMACIJE O PRIKUPLJANJU I OBRADI PODATAKA

1. Opis metoda korištenih za prikupljanje/generiranje podataka: Rezultati su dobiveni pomoću kvantno-kemijskih paketa Gaussian 16, Turbomole, Amber, te vlastitog softvera razvijenog u drupi dr. Došlić (Grupa za teorijsku kemiju, IRB, Zagreb, Hrvatska).

2. Metode obrade podataka:

3. Informacije specifične za instrument ili softver za interpretaciju podataka: Gaussian 09, Gaussian 16 rev. A03, Turbomole 7.0, Amber 12

4. Postupci anonimizacije podataka:

5. Postupci osiguranja kvalitete izvršeni na podacima:

6. Osobe uključene u prikupljanje, obradu i analizu uzoraka: Jurica Novak



SPECIFIČNI PODACI ZA <NAZIV DATOTEKE I/ILI MAPE>
<ponovite ovaj odjeljak za svaki skup podataka, datoteku ili mapu, prema potrebi>

1. Broj varijabli:

2. Broj slučajeva/redaka:

3. Popis varijabli <popiši imena varijabli, opis(e), jedinice(a) i oznake vrijednosti>:

4. Podaci koji nedostaju:

5. Specijalizirani formati koje se koriste: