prikaz prve stranice dokumenta Dizajn inhibitora ubikvitin tioesteraze OTUB1 pomoću superračunala
  Preuzmi
PDF 2.37 MB
diplomski rad
Dizajn inhibitora ubikvitin tioesteraze OTUB1 pomoću superračunala
2020. urn:nbn:hr:193:804412
Grizelj, Paulina
Sveučilište u Rijeci
Fakultet biotehnologije i razvoja lijekova

Citirajte ovaj rad

Grizelj, P. (2020). Dizajn inhibitora ubikvitin tioesteraze OTUB1 pomoću superračunala (Diplomski rad). Rijeka: Sveučilište u Rijeci. Preuzeto s https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:804412

Grizelj, Paulina. "Dizajn inhibitora ubikvitin tioesteraze OTUB1 pomoću superračunala." Diplomski rad, Sveučilište u Rijeci, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:804412

Grizelj, Paulina. "Dizajn inhibitora ubikvitin tioesteraze OTUB1 pomoću superračunala." Diplomski rad, Sveučilište u Rijeci, 2020. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:804412

Grizelj, P. (2020). 'Dizajn inhibitora ubikvitin tioesteraze OTUB1 pomoću superračunala', Diplomski rad, Sveučilište u Rijeci, citirano: 20.01.2025., https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:804412

Grizelj P. Dizajn inhibitora ubikvitin tioesteraze OTUB1 pomoću superračunala [Diplomski rad]. Rijeka: Sveučilište u Rijeci; 2020 [pristupljeno 20.01.2025.] Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:804412

P. Grizelj, "Dizajn inhibitora ubikvitin tioesteraze OTUB1 pomoću superračunala", Diplomski rad, Sveučilište u Rijeci, Rijeka, 2020. Dostupno na: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:804412

Za citiranje koristite ovu mrežnu adresu: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:193:804412
Prijavite se u repozitorij kako biste mogli spremiti objekt u svoju listu.
Podaci o radu
NaslovDizajn inhibitora ubikvitin tioesteraze OTUB1 pomoću superračunala
Naslov (engleski)Structure-based design of novel ubiquitin thioesterase OTUB1 inhibitors using supercomputer
AutorPaulina Grizelj
MentorŽeljko Svedružić (mentor)
Član povjerenstvaMiranda Mladinić Pejatović (predsjednik povjerenstva)
Član povjerenstvaKarlo Wittine (član povjerenstva)
Ustanova koja je dodijelila
akademski / stručni stupanj		Sveučilište u Rijeci
(Fakultet biotehnologije i razvoja lijekova)
Rijeka
Datum i država obrane2020-09-17, Hrvatska
Znanstveno / umjetničko
područje, polje i grana		BIOTEHNIČKE ZNANOSTI
Biotehnologija
Bioinformatika
Sažetak
Značaj: Ubikvitinacija je modifikacija u kojoj se na protein kovalentno veže ubikvitin (Ub). Deubikvitinacija je reverzibilni proces ubikvitinaciji, modifikacija u kojoj se uklanja ubikvitin sa proteina. Ravnoteža tih dvaju procesa održava razinu i aktivnost proteina u stanici, a njihova disfunkcija dovodi do nastanka različitih patoloških stanja. Deubikvitinaciju u stanici provode deubikvitinirajući enzimi, kao što je protein ubikvitin tioesteraza OTUB1. Ubikvitin tioesteraza regulira aktivnost proteina p53 i ubikvitinaciju RAS proteina. Zbog povezanosti sa proteinima koji sudjeluju u nastanku tumora, inhibicija ubikvitin tioesteraze u stanici bi mogla biti potencijalna meta u razvoju protutumorskih lijekova. Rezultati: Virtualnim probirom pronalaze se spojevi koji su komercijalno dostupni. Odabrani spojevi mogu kompetitivno inhibirati ubikvitin tioesterazu zbog svoje strukture i načina vezanja na vezno mjesto ubikvitina na proteinu. Vezno mjesto ubikvitina na proteinu ima aminokiselinske ostatke fenilalanina. Poželjno je da spoj kandidat ima aromatske prstene u strukturi, da bi se na protein mogao vezati π-π stacking interakcijama. Simulacijama molekularne dinamike prikazuje se inhibicija proteina ubikvitin tioesteraze. Koliko je dobra inhibicija proteina ovisi o interakcijama između spojeva i veznog mjesta na proteinu. Računalnim metodama određuju se ADME svojstva spojeva kandidata te pronalaze strukture slične biološke aktivnosti (bioizosteri). Zaključak: Određeni komercijalno dostupni spojevi mogu inhibirati deubikvitinirajući enzim ubikvitin tioesterazu OTUB1. Inhibitori ubikvitin tioesteraze mogli bi se koristiti kao protutumorski lijekovi. Molekularna dinamika može se koristiti za razvoj takvih kandidata za lijekove.
Sažetak (engleski)
Background: Ubiquitination modifies proteins by covalent attachment of ubiquitin (Ub). Deubiquitination, the reversible process of ubiquitination, removes ubiquitin from the proteins. Balance between these two processes regulates cellular protein levels and activity. Disfunction of ubiquitination and deubiquitination leads to development of pathological conditions in the cell. Deubiquitinases are enzymes that carry out protein deubiquitination. Deubiquitinase ubiquitin thioesterase OTUB1 regulates activity of p53 protein and RAS protein ubiquitination. Cellular inhibition of ubiquitin thioesterase could be a potential target in development of antitumour agents. Results: Virtual screening of comercially available compounds can be performed using computer aided drug design. Some compounds can competitively inhibit ubiquitin thioesterase OTUB1. Ubiquitin binding site on protein OTUB1 has phenylalanine residues. Therefore, it is preferable that compound has an aromatic ring in its structure. That way it can bind on ubiquitin binding site with π-π stacking interactions. Molecular dynamics simulations show ubiquitin thioesterase inhibition. Interactions between drug candidates and binding site determine how good is the protein inhibition. ADME properties can be defined using computer methods, as well as the chemical compounds with similar structures (bioisosteres). Conclusion: Certain commercially available compounds can inhibit deubiquitinase ubiquitin thioesterase OTUB1. Inhibitors of ubiquitin thioesterase could be used as antitumour agents. Molecular dynamics can be used to develop such drug candidates.
Ključne riječi
Ključne riječi (engleski)
Jezikhrvatski
URN:NBNurn:nbn:hr:193:804412
Studijski programNaziv: Istraživanje i razvoj lijekova
Vrsta studija: sveučilišni
Stupanj studija: diplomski
Akademski / stručni naziv: magistar/magistra istraživanja i razvoja lijekova (mag. pharm. inv.)
Vrsta resursaTekst
Način izrade datotekeIzvorno digitalna
Prava pristupaOtvoreni pristup
Uvjeti korištenjaIkona licence Zaštićeno autorskim pravom.
Datum i vrijeme pohrane2020-09-14 19:02:19