Jurica Novak, Centar za umjetnu inteligenciju i kibernetičku sigurnost, Sveučilište u Rijeci

Ova readme.txt datoteka je generirana 20240502 od strane Jurice Novaka

GENERALNE INFORMACIJE

1. Naslov skupa podataka: In Silico Design of Alkhumra Virus NS3 Protease Inhibitors

2. Naslov istraživačkog projekta: Drug Repurposing for Viral Hemorrhagic Fevers

2. Informacije o autoru:
	A. Kontakt podaci glavnog istraživača
		Ime: Jurica Novak
		Institucija: Centar za umjetnu inteligenciju i kibernetičku sigurnost, Sveučilište u Rijeci
		Adresa: Ul. Radmile Matejčić 2, 51000, Rijeka
		E-mail: jurica.novak@uniri.hr

3. Datumi <predloženi format GGGGMMDD>:
	A. Datum prikupljanja podataka: 2024
	B. Datum početka i završtetka istraživanja: 2024
	C. Vremensko razdoblje obuhvaćeno podacima: 2024

4. Geografski položaj prikupljanja podataka: Hrvatska

5. Informacije o izvorima financiranja koji su podržali prikupljanje podataka: UniRi projekt Uniri-mladi-prirod-22-8



SADRŽAJNE INFORMACIJE

1. Opis podataka: MD simulacije proteaze virusa Alkhumra, te kompleksa proteaza:lijek.

2. Ključne riječi:  Alkhumra; proteaza; NS3; NS2B/NS3; prenamjena lijekova; molekulsko prijanjanje; molekulska dinamika

3. Rječnik istraživačkih podatakav<bilježi i objašnjava varijable, mjerne jedinice, raspon vrijednosti i dopuštene vrijednosti, vrijednosti koje nedostaju, metode, skale, formate datoteka, bilješke>:



INFORMACIJE O PRISTUPU I DIJELJENJU

1. Licence/ograničenja postavljena na istraživačke podatke: otvoren pristup

2. Veza na publikaciju/e koja navodi ili koristi istraživačke podatke:
priprema manuskripta pod naslovom 'In Silico Design of Alkhumra Virus NS3 Protease Inhibitors' je u tijeku

3. Veze na javno dostupne lokacije istraživačke podataka:

4. Veze na pomoćne skupove podataka:

5. Jesu li podaci izvedeni iz drugog izvora? ne

6. Citiranje istraživačkih podataka <navesti primjer citiranja>:

7. Format/i istraživačkih podataka:
mdcrd - Amber trajectory output file
prmtop - Amber parameter file
rst - Amber restart file
out - Amber output file
info -Amber info file


PREGLED PODATAKA I DATOTEKA ISTRAŽIVAČKOG PROJEKTA

1. Popis mapa: NS3 - MD trajectory of NS3 (His37+/Asp61-/Ser121-)
               NSNS2B/NS3 - MD trajectory of NSNS2B/NS3 (His37+/Asp61-/Ser121-)
               NS3_HIS0_SER0 - MD trajectory of NS3 (His37/Asp61-/Ser121)
               NS3_HIS0_SER0 - MD trajectory of NS3 (His37/Asp61-/Ser121)
	       DB00696 - MD trajectory of NSNS2B/NS3:DB00696 complex
	       DB01879 - MD trajectory of NSNS2B/NS3:DB01879 complex
	       DB04016 - MD trajectory of NSNS2B/NS3:DB04016 complex
	       DB06817 - MD trajectory of NSNS2B/NS3:DB06817 complex 
	       DB11611 - MD trajectory of NSNS2B/NS3:DB11611 complex 
	       DB11852 - MD trajectory of NSNS2B/NS3:DB11852 complex

2. Popis datoteka <navesti sve datoteke vezane uz skup podataka, s kratkim opisom>:
min*  - minimization of the system
heat* - heating trajectory
ekvi* - equilibration trajectory
md*   - production trajectory
noions* - stripped trajectory (without water and ions)

3. Odnos između datoteka:

4. Dodatni povezani podaci:

5. Konvencija imenovanja datoteka istraživačkih podataka <primjerice <akronim projekta><metoda><mjesto><verzija ili datum>.<ekstenzija>:

6. Postoji li više verzija skupa podataka?  ne
	A. Ako je odgovor da, naziv datoteke koja je ažurirana:
		i. Zašto je datoteka ažurirana?
		ii. Kada je datoteka ažurirana?
		iii. Tko je napravio ažuriranje?


INFORMACIJE O PRIKUPLJANJU I OBRADI PODATAKA

1. Opis metoda korištenih za prikupljanje/generiranje podataka: Rezultati su dobiveni pomoću paketa za molekulsku dinamiku Amber 22.

2. Metode obrade podataka:

3. Informacije specifične za instrument ili softver za interpretaciju podataka: Amber 22

4. Postupci anonimizacije podataka:

5. Postupci osiguranja kvalitete izvršeni na podacima:

6. Osobe uključene u prikupljanje, obradu i analizu uzoraka: Jurica Novak



SPECIFIČNI PODACI ZA <NAZIV DATOTEKE I/ILI MAPE>
<ponovite ovaj odjeljak za svaki skup podataka, datoteku ili mapu, prema potrebi>

1. Broj varijabli:

2. Broj slučajeva/redaka:

3. Popis varijabli <popiši imena varijabli, opis(e), jedinice(a) i oznake vrijednosti>:

4. Podaci koji nedostaju:

5. Specijalizirani formati koje se koriste: