Jurica Novak, Odjel za biotehnologiju, Sveučilište u Rijeci

Ova readme.txt datoteka je generirana 20240118 od strane Jurice Novaka

GENERALNE INFORMACIJE

1. Naslov skupa podataka: Virtual screening, structure based pharmacophore mapping, and molecular simulation studies of pyrido[2,3-d]pyrimidines as selective thymidylate synthase inhibitors 

2. Naslov istraživačkog projekta: -  

2. Informacije o autoru:
	A. Kontakt podaci glavnog istraživača
		Ime: Jurica Novak
		Institucija: Odjel za biotehnologiju, Sveučilište u Rijeci
		Adresa: Ul. Radmile Matejčić 2, 51000, Rijeka
		E-mail: jurica.novak@biotech.uniri.hr

3. Datumi <predloženi format GGGGMMDD>:
	A. Datum prikupljanja podataka: 2022
	B. Datum početka i završtetka istraživanja: 2022
	C. Vremensko razdoblje obuhvaćeno podacima: 2022

4. Geografski položaj prikupljanja podataka: Hrvatska

5. Informacije o izvorima financiranja koji su podržali prikupljanje podataka:



SADRŽAJNE INFORMACIJE

1. Opis podataka: MD simulacije pirido[2,3-d]pirimidin inhibitora u aktivnom mjestu timidilat sintaze.

2. Ključne riječi:  rak debelog crijeva; timidilat sintaza; pirido[2,3-d]pirimidin; inhibitori; 3D-QSAR; molecular docking; molecular dynamics

3. Rječnik istraživačkih podatakav<bilježi i objašnjava varijable, mjerne jedinice, raspon vrijednosti i dopuštene vrijednosti, vrijednosti koje nedostaju, metode, skale, formate datoteka, bilješke>:



INFORMACIJE O PRISTUPU I DIJELJENJU

1. Licence/ograničenja postavljena na istraživačke podatke: otvoren pristup

2. Veza na publikaciju/e koja navodi ili koristi istraživačke podatke:
rad je objavljen u Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2023, 41(23), 14197-14211,  pod naslovom 'Virtual screening, structure based pharmacophore mapping, and molecular simulation studies of pyrido[2,3-d]pyrimidines as selective thymidylate synthase inhibitors'

3. Veze na javno dostupne lokacije istraživačke podataka:

4. Veze na pomoćne skupove podataka:

5. Jesu li podaci izvedeni iz drugog izvora? ne

6. Citiranje istraživačkih podataka <navesti primjer citiranja>:

7. Format/i istraživačkih podataka:
mdcrd - Amber trajectory output file
prmtop - Amber parameter file
rst - Amber restart file


PREGLED PODATAKA I DATOTEKA ISTRAŽIVAČKOG PROJEKTA

1. Popis mapa: RAL   - MD trajectory for 4XV2:RAL complex
               RAL2  - MD trajectory for 4XV2:RAL complex
	       T_13  - MD trajectory for 4XV2:T_13 complex
	       T_36  - MD trajectory for 4XV2:T_36 complex
	       T_39  - MD trajectory for 4XV2:T_39 complex

2. Popis datoteka <navesti sve datoteke vezane uz skup podataka, s kratkim opisom>:

3. Odnos između datoteka:

4. Dodatni povezani podaci:

5. Konvencija imenovanja datoteka istraživačkih podataka <primjerice <akronim projekta><metoda><mjesto><verzija ili datum>.<ekstenzija>:

6. Postoji li više verzija skupa podataka?  ne
	A. Ako je odgovor da, naziv datoteke koja je ažurirana:
		i. Zašto je datoteka ažurirana?
		ii. Kada je datoteka ažurirana?
		iii. Tko je napravio ažuriranje?


INFORMACIJE O PRIKUPLJANJU I OBRADI PODATAKA

1. Opis metoda korištenih za prikupljanje/generiranje podataka: Rezultati su dobiveni pomoću paketa za molekulsku dinamiku Amber 20.

2. Metode obrade podataka:

3. Informacije specifične za instrument ili softver za interpretaciju podataka: Amber 20

4. Postupci anonimizacije podataka:

5. Postupci osiguranja kvalitete izvršeni na podacima:

6. Osobe uključene u prikupljanje, obradu i analizu uzoraka: Jurica Novak



SPECIFIČNI PODACI ZA <NAZIV DATOTEKE I/ILI MAPE>
<ponovite ovaj odjeljak za svaki skup podataka, datoteku ili mapu, prema potrebi>

1. Broj varijabli:

2. Broj slučajeva/redaka:

3. Popis varijabli <popiši imena varijabli, opis(e), jedinice(a) i oznake vrijednosti>:

4. Podaci koji nedostaju:

5. Specijalizirani formati koje se koriste: