Jurica Novak, Odjel za biotehnologiju, Sveučilište u Rijeci

Ova readme.txt datoteka je generirana 20221117 od strane Jurice Novaka

GENERALNE INFORMACIJE

1. Naslov skupa podataka: Structural modifications introduced by NS2B cofactor binding to the NS3 protease of the Kyasanur forest disease virus

2. Naslov istraživačkog projekta: Prenamjena lijekova protiv virusnih hemoragijskih groznica

2. Informacije o autoru:
	A. Kontakt podaci glavnog istraživača
		Ime: Jurica Novak
		Institucija: Odjel za biotehnologiju, Sveučilište u Rijeci
		Adresa: Ul. Radmile Matejčić 2, 51000, Rijeka
		E-mail: jurica.novak@biotech.uniri.hr

	B. Kontakt podaci suradnika ili suistraživača
		Ime: Shivananda Kandagalla
		Institucija: Južnouralsko Državno Sveučilište
		Adresa: Prospekt Lenjina 76, 454800, Chelyabinsk, Russia
		E-mail: kandagallas@susu.ru

3. Datumi <predloženi format GGGGMMDD>:
	A. Datum prikupljanja podataka: 2021-2022
	B. Datum početka i završtetka istraživanja: 2021-2022
	C. Vremensko razdoblje obuhvaćeno podacima: 2021-2022

4. Geografski položaj prikupljanja podataka: Hrvatska

5. Informacije o izvorima financiranja koji su podržali prikupljanje podataka:



SADRŽAJNE INFORMACIJE

1. Opis podataka: MD simulacije NS3 proteina, NS2B/NS3 proteinskog kompleksa, te 4 kompleksa NS2B/NS3 s trenutno dostupnim lijekovima (identifikacijske oznake prema DrugBank bazi podataka: DB06191, DB06295, DB06997, DB12424)

2. Ključne riječi:  NS3;NS2B;KFDV;MD;allosteric binding site

3. Rječnik istraživačkih podatakav<bilježi i objašnjava varijable, mjerne jedinice, raspon vrijednosti i dopuštene vrijednosti, vrijednosti koje nedostaju, metode, skale, formate datoteka, bilješke>:



INFORMACIJE O PRISTUPU I DIJELJENJU

1. Licence/ograničenja postavljena na istraživačke podatke:

2. Veza na publikaciju/e koja navodi ili koristi istraživačke podatke:
rad je submitiran pod naslovom 'Structural modifications introduced by NS2B cofactor binding to the NS3 protease of the Kyasanur forest disease virus' u Ticks and Tick-borne Diseases

3. Veze na javno dostupne lokacije istraživačke podataka:

4. Veze na pomoćne skupove podataka:

5. Jesu li podaci izvedeni iz drugog izvora? ne

6. Citiranje istraživačkih podataka <navesti primjer citiranja>:

7. Format/i istraživačkih podataka:
mdcrd - Amber trajectory output file


PREGLED PODATAKA I DATOTEKA ISTRAŽIVAČKOG PROJEKTA

1. Popis mapa: DB06191 - MD trajectory for NS2B/NS3:DB06191 complex
               DB06295 - MD trajectory for NS2B/NS3:DB06295 complex
			   DB06997 - MD trajectory for NS2B/NS3:DB06997 complex
			   DB12424 - MD trajectory for NS2B/NS3:DB12424 complex
			   NS2BNS3 - MD trajectory for NS2B/NS3 protease
			   NS3 - MD trajectory for NS3 protease


2. Popis datoteka <navesti sve datoteke vezane uz skup podataka, s kratkim opisom>:

3. Odnos između datoteka:

4. Dodatni povezani podaci:

5. Konvencija imenovanja datoteka istraživačkih podataka <primjerice <akronim projekta><metoda><mjesto><verzija ili datum>.<ekstenzija>:

6. Postoji li više verzija skupa podataka?  ne
	A. Ako je odgovor da, naziv datoteke koja je ažurirana:
		i. Zašto je datoteka ažurirana?
		ii. Kada je datoteka ažurirana?
		iii. Tko je napravio ažuriranje?


INFORMACIJE O PRIKUPLJANJU I OBRADI PODATAKA

1. Opis metoda korištenih za prikupljanje/generiranje podataka: Rezultati su dobiveni pomoću paketa za molekulsku dinamiku Amber 16.

2. Metode obrade podataka:

3. Informacije specifične za instrument ili softver za interpretaciju podataka: Amber 16

4. Postupci anonimizacije podataka:

5. Postupci osiguranja kvalitete izvršeni na podacima:

6. Osobe uključene u prikupljanje, obradu i analizu uzoraka: Jurica Novak



SPECIFIČNI PODACI ZA <NAZIV DATOTEKE I/ILI MAPE>
<ponovite ovaj odjeljak za svaki skup podataka, datoteku ili mapu, prema potrebi>

1. Broj varijabli:

2. Broj slučajeva/redaka:

3. Popis varijabli <popiši imena varijabli, opis(e), jedinice(a) i oznake vrijednosti>:

4. Podaci koji nedostaju:

5. Specijalizirani formati koje se koriste: